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申请日本签证通常可有两种方式：一种是由申请人在国外向日本使领事馆提出申请。一种是由旅居日本的亲友向所在地的入境管理局提出申请。无论采取哪一种方法，最后都是经过法务省批准后，授权大使馆或领事馆签发入境签证的。
1．向日本驻外使领馆申请的程序。无论是做工，还是定居等，均可以由申请人直接向日本驻在当地的领事馆申请签证。填写签证申请表格，递交与申请事由相应的证明材料。然后，由日本大使馆或领事馆将有关档案材料报回日本外务省，外务省转送法务省，再由法务省会同有关部门共同审核。申请高级劳务签证的，则需送到通产省核准。如无不同意见，再由外务省批示驻大使馆或领事馆签发签证。从申请到取得签证，一般需要3个月左右时间。
2． 在日本国内向入境管理局申请的程序。 日本出入境管理法规定，申请留学、技术服务、普通工作签证的外国人，必须向法务省申请《在留资格认定的证明书》，方可取得入境签证。如果申请人在日本有亲友，可以委托他们向所在地的入境管理局申请。
然后，由入境管理局呈报法务省，进行审查批准，包括审查担保人的担保资格，财产状况，有无违法行为以及以往担保信誉等。经过审查同意，便由所在地的入境管理局发给担保人一份《在留资格认定证明书》。担保人将此种证明寄给申请人，由申请人持此证明向大使馆或者领事馆申请签证。
侨居在日本的外国人，因某种原因，要暂时离开日本，在离开日本前，应向日本法务省申请再次入境许可证。此证由法务大臣签证。在此证有效期内，可随时出入日本。若因某种原因过期，可到日本驻外使、领馆申请延期。
经过日本的外国人，须在停留飞机或船舶的口岸休息、购物、作短暂停留，停留时间不超过72小时，可向口岸的入境管理分局申请入境许可证或过境许可证。持此证可以在口岸周围的地区活动。
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