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日本现在有590多所私立大学和短大，101所国立大学。大部分是为了适应在就学人数剧增而设置的，也有相当一部分是在长期萧条的情况下，社会资本流入教育领域促成的。日本的公立大学正在改革之中。表面上的目标是要追上国际先进水平的教育发展。实际上的原因却是财政困难。一个标志就是，1998年度的公立大学特别会计预算尚有盈余，而到了1999年度一下子出现2960亿日元的亏损，2000年度的亏损额更高达8310亿日元。国立学校、附属医院、研究所2000年度的业务收支的亏损额高达1兆9700亿日元。文部科学省管理的国立学校特别会计2000年度的累积负债额高达6兆4980亿日元。
日本的社会变化早就开始了，而变化中发生的最大问题就是老龄化社会和出生率的降低，这两个问题意味着纳税人的减少和招生来源的减少。这对依赖政府拨款的公立大学和部分依赖政府拨款的私立大学来说，不能不说是一个致命的威胁。但是大学们，尤其是公立大学依然改变不了过去的“のうてんき”（慢吞吞）的作风，保持着他们的“传统”。也就是不与国际接轨的教学要求、陈旧的学科设置、小规模一家一户式的经营、师傅带徒弟式的高级人才培养。结果造成了学生的学习能力低下、研究水平不能适应企业发展要求、国际竞争力低下等等的弊病。
大学教师、尤其是国立大学教师的“铁饭碗”式的就业方式，也使得教师的研究水平降低、责任心低下、教学和管理中漏洞百出、性骚扰和不公正对待学生等现象增加。也就是说日本经济停滞和国际竞争力的低下，教育也有一部分责任。
就拿一个文科博士学位的授予就能看出日本大学的保守性。日本的各个大学，甚至是有上百年历史的老字号的大学，培养的博士生也寥寥无几，1998年度国立、公立、私立大学已入学博士生中，获得博士号的平均只有67%，其中理工科平均达到79%，而文科类只有21%。原因就在于日本的大企业和国家级机关不愿意雇用高级人才，社会上也缺乏高级人才的流动机制和评价机制，博士生的需求主要是部分研究所和教育机关。而大学本身不是从提高研究教育水平着眼，而是单纯地追随社会需要，在培养人才方面一味地迁就大企业的雇佣方式，教学管理等方面被就职状况牵着走，在这方面耗费了过多的资源。而日本大企业的雇用方式是著名的新毕业学生同时采用的方式，只重视基础、不重视专门领域。这就造成了各个大学对于各专门领域研究成果的评价缺乏足够的实力，最终评价只能依赖某个“权威”，如果没有“权威”支持，学生就很难获得学位。
俗话说的好，成也萧何败也何。日本的大学的教学和管理的落后，原因和它的管理机关文部省是分不开的。文部省不仅掌握着各个公立大学的经费和私立大学的补助金的发放权，还掌握着学校招生定员、教职工定员的控制权，学校开设和学科学位设置的审议批准权。在教育培养方向上，大学不得不跟着文部省的指挥棒转。否则，就得不到批准，也难于获得资金。所以，大学改革的第一步，是所谓“规制缓和”，也就是把经营权下放给大学，具体地就是向着“国立大学独立法人化”的方向发展。
1999年9月20日，当时的文部省发表了一篇名为《探讨国立大学的独立行政法人化的方向》的报告，揭开了日本的大学改革序幕。2000年5月自民党提出国立大学向“独立行政法人”转变的提案，接受这个提案，文部科学省设置了“国立大学法人调查检讨会议”，具体探讨方案的可行性，并开始分期提出报告。文部科学省的方针最初是让国立大学从组织上与国家机关相脱离，享受国家预算的同时进行独立经营。2001年5月，小泉在参议院表明：国立大学“可以民营化就民营化，可以让给地方就让给地方，这个观点非常重要”。提出了对国立大学改革不仅要从组织上脱离出去，在预算方面也要探讨独立核算的经营方式。文部科学省也开始了探讨整备国立大学民营化的法律，6月文部科学大臣公布了《大学构造改革方针》。这个方针表明，作为创造有国际竞争力的大学的措施，将采取1、国立大学的合并与重编；2、逐步向采用民营手法的“国立大学法人”过渡；3、通过第三者的评价引进竞争原理并选出国、公、私立“30个顶级大学”重点培育。
文部省最初的方案一出台，各国立大学、教师组织的就纷纷发出反对的声音。但是，到了2001年政府关于国立大学民营化的方针渐趋明朗之后，各个公立大学这才开始动了起来，开始寻找存活下去的方式。
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