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日本在2005－2006年间，迎来了“平成市町村大合并”的高潮，但中日友好交流都市的数量不减反增，显示两国民间交流的基盘仍在扩大。据日中友好协会统计，2006年中日友好交流都市的数量增至314对，创历史新高。
据了解，日本“平成合并”后诞生的新自治体，大部分都继承了与旧自治体的友好关系都市。为此，产生了一个地方自治体与中国多个城市建立友好关系的案例，使得合并后的友好都市数量不减反增。例如，岛根县妧田市就与中国3个都市建立了友好关系，松江市也与中国的4个都市建立起友好关系。在市村町合并后产生的新自治体，也有与中国建立友好都市的案例。比如，福井县小昹市与浙江省平湖市新建友好都市关系，奈良县昹原市也与河南省洛阳市建立了友好都市关系。既有的友好都市也纷纷展开顺应时代需求的新交流，如在1985年7月就签约建立友好都市的山东省烟台市和大分县别府市，互相激励建成国际观光的优秀标志性城市。2005年，两市迎来了友好关系20周年，烟台市向别府市赠送了“八仙雕刻像”，以纪念两市友好交流关系。
从日中友好协会揭载的“2006日中友好交流都市一览表”可以看出，314对日中友好都市，涉及日本47个都道府县，最早的“横滨市—上海市”友好关系建立于1973年11月30日，最近的“平湖市—小昹市”友好关系建立于2006年4月25日。整个80年代和90年代，是中日建立友好都市关系的高峰期，也为民间交流打下了广阔的基础。
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